Церковь Антипы Мученика была воздвигнута в начале XVI века и освящена во имя святого Антипы, епископа Пергамского, который во времена императора Нерона проповедью удерживал паству от поклонения языческим идолам. Жрецы предали его мученической смерти, бросив в раскаленную печь, но огонь не тронул тело подвижника – по преданию, непрестанно молившийся святой словно уснул. Христиане захоронили его в Пергаме, и у гробницы начались исцеления. Особенно св. Антипа славится исцелениями при зубной боли.
Историки считают, что в устроении храма участвовала семья Малюты Скуратова, чья усадьба вплотную примыкала к храму с восточной стороны. В правление Ивана Грозного территория нынешней Волхонки была отдана в опричнину, где Малюта получил двор для жительства. По легенде, в Антипьевской церкови Иван Грозный венчался со своей очередной женой. Первый русский царь чтил этого святого, и среди его родовых моленных святынь был зуб св. «Онтипия Великого», окованный серебром. Посвящение святому, прославленному исцелениями зубной боли, привлекало в стены храма всю Москву. Здесь молились и цари, и вельможи, и простые горожане, просившие у св. Антипы здравия. Многих из них отпевал в этом храме и хоронил сам патриарх.
Антипьевскую церковь закрыли в 1929 году, устроили в полуразрушенном здании жилые помещения, а потом передали его Музею Изобразительных Искусств под фондовое хранилище. В 1991 году была образована община и назначен настоятель, и 24 апреля 2005 года состоялась первая за долгие годы Божественная Литургия.